Gli scienziati del Van Andel Institute hanno sviluppato un nuovo protocollo di estrazione per l’RNA-seq e l’analisi metabolomica, offrendo un quadro più completo dell’attività cellulare rispetto a entrambe le tecniche da sole.
Il protocollo utilizza un’estrazione semplificata da un singolo campione, che riduce la variazione, migliora l’efficienza, preserva la fedeltà dei dati e massimizza l’uso di preziosi campioni biologici.
“La nostra nuova tecnica consente ai ricercatori di studiare i fenotipi metabolici in un modo unico ottenendo la maggior quantità di informazioni possibile da singoli campioni”, ha affermato Ryan Sheldon, Ph.D., direttore del Mass Spectrometry Core di VAI. “L’aspetto più importante è che non vi è alcuna perdita di informazioni utilizzando il nostro nuovo protocollo più efficiente”.
Fino ad ora, gli scienziati hanno dovuto utilizzare due estrazioni di campioni: una per l’RNA-seq e una per la metabolomica. Questo approccio richiede più campioni o un singolo campione diviso in sottocampioni, che aumenta la variazione e ha un impatto sconosciuto sull’interpretazione dei dati.
L’attuale flusso di lavoro può anche rendere impegnativi gli approcci multi-omici, specialmente in tipi di campioni rari; il processo di estrazione distrugge il campione, precludendo ulteriori analisi.
Per convalidare il protocollo, il team di ricerca ha confrontato i risultati dell’estrazione standard con i risultati del nuovo approccio. I risultati hanno mostrato chiaramente che il nuovo protocollo preservava la qualità dei dati risparmiando tempo e risorse.
Il nuovo protocollo è pubblicato sulla rivista Biologia dell’RNA. È stato sviluppato dagli scienziati del Core Technologies and Services e del Department of Metabolism and Nutritional Programming di VAI. Core Technologies and Services fornisce tecnologie e competenze all’avanguardia agli scienziati e ai collaboratori dell’Istituto.
“La nostra nuova strategia offre un’importante prova di concetto per gli sforzi futuri per incorporare ulteriori approcci -omici, con l’obiettivo di creare una singola pipeline di estrazione per RNA-seq, metabolomica, proteomica, trascrittomica e altri”, ha affermato Sheldon. “Questo lavoro non sarebbe stato possibile senza l’eccezionale team di Core Technologies and Services qui al VAI e l’impegno dell’Istituto per la collaborazione e la scienza rigorosa”.
Gli autori includono Zachary B. Madaj, MS, Michael S. Dahabieh, Ph.D., Vijayvardhan Kamalumpundi, Brejnev Muhire, Ph.D., Dean J. Pettinga, Rebecca A. Siwicki, MS, Abigail E. Ellis, Christine Isaguirre, Martha L. Escobar Galvis, Ph.D., Lisa DeCamp, Russell G. Jones, Ph.D., Scott A. Givan, Ph.D., Marie Adams, MS, di VAI. Quella dell’Istituto Nucleo di spettrometria di massa, Nucleo di patobiologia e biorepository, Nucleo di bioinformatica e biostatistica E Nucleo di genomica ha svolto un ruolo chiave nello sviluppo del protocollo.
La ricerca riportata in questa pubblicazione è stata supportata dal Van Andel Institute.
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