Un consorzio internazionale di scienziati, guidato da Jeff Kidd, Ph.D. dell’Università del Michigan, Jennifer RS Meadows dell’Università di Uppsala in Svezia e Elaine A. Ostrander, Ph.D. del NIH National Human Genome Research Institute, sta utilizzando un database di DNA canino senza precedenti per dare uno sguardo imparziale su come i nostri amici pelosi si sono evoluti nelle varie razze che conosciamo e amiamo.
Un nuovo articolo, pubblicato sulla rivista Biologia del genomadelinea ciò che il progetto Dog10K ha scoperto dopo aver sequenziato i genomi di quasi 2000 campioni di 321 diverse razze di cani, cani selvatici, coyote e lupi e dopo averli confrontati con un campione di riferimento, quello di un pastore tedesco di nome Mischka.
Analizzando più di 48 milioni di informazioni genetiche, hanno scoperto che ogni razza di cane aveva circa 3 milioni di differenze nel polimorfismo a singolo nucleotide. Questi SNP o “snip” sono ciò che rappresenta la maggior parte della variazione genetica tra le persone e i cani. Hanno anche trovato 26.000 sequenze cancellate che erano presenti nel pastore tedesco ma non nella razza di confronto e 14.000 che erano nella razza di confronto ma mancavano nel DNA di Mischka.
“Abbiamo fatto un’analisi per vedere quanto simili fossero i cani tra loro, e alla fine abbiamo potuto dividerli in circa 25 gruppi principali che corrispondono più o meno a ciò che le persone si sarebbero aspettate in base all’origine della razza, al tipo di cane , dimensioni e colorazione”, ha affermato Kidd, professore di genetica umana, medicina computazionale e bioinformatica presso la UM Medical School.
La maggior parte dei geni variabili, ha aggiunto, avevano a che fare con la morfologia, confermando che le differenze tra le razze erano guidate dall’aspetto dei cani.
Rispetto ai cani, i lupi presentavano circa il 14% in più di variazione. E i cani selvaggi dei villaggi – cani che vivono tra la gente nei villaggi o nelle città ma non sono tenuti come animali domestici – hanno mostrato più variazioni genetiche rispetto ai cani di razza.
Il set di dati, che è stato elaborato utilizzando il cluster di calcolo ad alte prestazioni Great Lakes presso l’UM, ha rivelato anche una quantità insolita di retrogeni, un nuovo gene che si forma quando l’RNA viene trasformato nuovamente in DNA e reinserito nel genoma in un punto diverso. Lo studio ha scoperto 926 retrogeni, il più famoso dei quali, dice Kidd, è un retrogene chiamato FGF4che si traduce nel fenotipo della gamba corta osservato nei bassotti e nei corgi.
“I cani tendono ad avere una maggiore quantità di retrogeni che hanno portato a mutazioni selezionate, che forse le persone hanno trovato carine e ne hanno allevato di più”, ha detto Kidd. Il suo laboratorio sta tentando di capire perché i retrogeni e le inserzioni si verificano così frequentemente nei cani.
Uno dei vantaggi del consorzio Dog10K è la sua dimensione, che consentirà ai ricercatori della UM e di altri centri di esaminare le basi genetiche di altre caratteristiche canine e persino di malattie comuni nei cani, come il cancro.
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