È stata lanciata una nuova metodologia che consente la categorizzazione e l’organizzazione dei dati di una singola cella. Può essere utilizzato per creare un set di dati armonizzato per lo studio della salute e delle malattie umane.
Ricercatori del Wellcome Sanger Institute, dell’Università di Cambridge, dell’Istituto europeo di bioinformatica dell’EMBL (EMBL-EBI) e collaboratori hanno sviluppato lo strumento, noto come CellHint. CellHint utilizza l’apprendimento automatico per unificare i dati prodotti in tutto il mondo, consentendone l’accesso a una più ampia comunità di ricerca, potenzialmente guidando nuove scoperte.
In un nuovo studio, pubblicato oggi (21 dicembre) in Cellula, i ricercatori hanno applicato CellHint per rivelare connessioni sottoesplorate tra stati di cellule polmonari sane e malate. Hanno esaminato otto malattie, come la malattia polmonare interstiziale e la malattia polmonare ostruttiva cronica, e hanno mostrato i possibili benefici di questo strumento. Hanno inoltre applicato CellHint a 12 tessuti provenienti da 38 set di dati, fornendo un database di tessuti incrociati accuratamente curato con circa 3,7 milioni di cellule.
Cellhint è disponibile gratuitamente in tutto il mondo ed è stato creato come parte dell’iniziativa Human Cell Atlas1 che mira a mappare ogni tipo di cellula del corpo umano per trasformare la comprensione della salute e della malattia.
La genomica unicellulare consente la comprensione di ogni cellula nel contesto del corpo umano ad alta risoluzione. Attualmente, una sfida nell’assemblare i diversi set di dati prodotti dalla ricerca sulle singole cellule è che non esiste un sistema unificato per la denominazione e l’organizzazione dei dati.
Per risolvere questo problema, i ricercatori del Wellcome Sanger Institute e i loro collaboratori hanno sviluppato CellHint, in grado di unificare i tipi di cellule prodotti da laboratori indipendenti. CellHint inserisce quindi i dati in un grafico definito che mostra le relazioni tra i sottotipi di celle, fornendo un quadro completo di tutte le celle identificate nei diversi set di dati.
Il team ha applicato CellHint ai dati attuali e ha rivelato relazioni sottoesplorate tra stati di cellule polmonari sane e malate in otto malattie. Ha inoltre identificato tipi di cellule nell’ippocampo umano adulto che potrebbero essere di potenziale interesse per la ricerca futura.
I ricercatori hanno anche applicato CellHint a 12 tessuti da 38 set di dati, fornendo un database di tessuti incrociati profondamente curato con circa 3,7 milioni di cellule. Ogni cella è stata annotata, ovvero il processo di etichettatura delle celle con informazioni particolari. Hanno anche mostrato come è possibile creare vari modelli per l’annotazione automatica delle cellule nei tessuti umani.
Il dottor Chuan Xu, primo autore del Wellcome Sanger Institute, ha dichiarato: “CellHint si distingue dagli altri strumenti perché sfrutta appieno le informazioni di annotazione cellulare, spesso incoerenti ma preziose, provenienti da studi individuali, per ottenere un’integrazione dei dati guidata dalla biologia. Siamo entusiasti che con CellHint, le cellule di laboratori indipendenti possono essere riannotate e i ricercatori possono utilizzare le informazioni risultanti per inserire ciascuna cellula in contesti diversi oltre lo studio originale. Ci auguriamo che questo strumento faciliti notevolmente il riutilizzo di dati e informazioni molecolari e cellulari attraverso laboratori, potenzialmente guidando nuove scoperte in biologia.”
La dottoressa Sarah Teichmann, autrice senior del Wellcome Sanger Institute e co-fondatrice dell’Atlante delle cellule umane, ha dichiarato: “L’Atlante delle cellule umane sta creando mappe di riferimento dettagliate di tutte le cellule del corpo umano per trasformare la nostra comprensione della biologia, della salute e delle malattie”. , e le tecnologie unicellulari sono alla base di questo progetto estremamente ambizioso. La collaborazione globale e la condivisione aperta dei dati sono vitali per raggiungere l’obiettivo di un atlante rappresentativo delle cellule umane che andrà a beneficio dell’umanità in tutto il mondo. CellHint consente l’unificazione e la condivisione dei dati di una singola cellula, che consente alla comunità di ricerca globale di contribuire e trarre vantaggio dalla ricerca in corso che si sta svolgendo in tutto il mondo e di contribuire a promuovere i progressi nel campo della salute e dell’assistenza sanitaria.”
Da un’altra testata giornalistica. news de www.sciencedaily.com