I ricercatori guidati da ingegneri elettrici dell’Università della California a San Diego hanno sviluppato un modo migliore per eseguire l’analisi comparativa di interi genomi. Questo approccio può essere utilizzato per studiare le relazioni tra diverse specie su scale temporali geologiche.
Questo nuovo approccio è pronto a svelare scoperte su come l’evoluzione ha modellato i genomi attuali e anche su come è organizzato l’albero della vita. Il nuovo metodo, denominato CASTER, è descritto in un articolo pubblicato su Scienza il 23 gennaio 2025.
CASTER è pronto a offrire ai biologi un approccio molto più scalabile rispetto allo stato dell’arte per il confronto dei genomi completi. Ciò è particolarmente rilevante dato il numero esponenziale di genomi sequenziati sia di specie viventi che di specie estinte. Tutti questi genomi sono disponibili per lo studio comparativo attraverso analisi filogenomiche. CASTER fornisce risultati interpretabili che aiuteranno i biologi a comprendere non solo le relazioni tra le specie ma anche il mosaico delle storie evolutive attraverso il genoma.
“Dall’inizio degli anni 2000, innumerevoli studi hanno sostenuto la ricostruzione filogenetica ‘dell’intero genoma’; tuttavia, questi sono stati tutti basati sul sottocampionamento di regioni sparse nei genomi, per un totale di solo una piccola frazione di ciascun genoma completo che fa parte di un dato studio. Analizzare tutte le posizioni genomiche utilizzando modelli complessi sembrava fuori portata”, ha affermato Siavash Mirarab, professore di ingegneria elettrica alla UC San Diego e autore corrispondente del nuovo articolo su Science “What Ciò che mi entusiasma è che ora possiamo eseguire analisi veramente a livello dell’intero genoma utilizzando ogni coppia di basi allineata tra le specie con risorse computazionali ampiamente disponibili”.
“Arrivare a questo traguardo ha richiesto sforzi combinati di molte discipline, tra cui statistica, informatica e biologia”, ha affermato Chao Zhang, il primo autore del nuovo articolo su Science. Zhang ha completato il suo dottorato di ricerca presso l’UC San Diego nel programma di Bioinformatica e Biologia dei sistemi. Attualmente insegna alla facoltà dell’Università di Copenaghen.
Da un’altra testata giornalistica. news de www.sciencedaily.com
