L’Università di Adelaide ha sviluppato un nuovo strumento software con poteri potenziati di sequenziamento del genoma, aumentando la velocità e la precisione con cui i ricercatori possono migliorare le piante attraverso la selezione.
Questi miglioramenti consentiranno agli agricoltori di coltivare colture più resilienti in un clima e un paesaggio in costante cambiamento.
Chiamato CoreDetector, lo strumento è stato creato per gestire in modo efficiente compiti di sequenziamento del genoma più impegnativi dal punto di vista computazionale, come l’allineamento di genomi di piante diversi, grandi ed evolutivi.
“L’allineamento dell’intero genoma delle specie rimane un metodo importante per determinare le variazioni strutturali e di sequenza delle popolazioni”, ha affermato il dottor Julian Taylor dell’Università di Adelaide, che ha co-diretto il progetto.
“Ci sono pochi strumenti che hanno la funzionalità per gestire genomi diversi ampi ed evolutivi, ma CoreDetector sfrutta la potenza della parallelizzazione computazionale per intraprendere l’ingombrante compito di allineamento di sequenze a coppie tra i genomi dei membri della popolazione.
“Lo strumento può essere applicato a un’ampia gamma di specie – dai genomi di batteri di kilobyte ai genomi di piante di gigabyte, come il grano – e supporta anche organismi diploidi, come umani e altri animali.”
La ricerca alla base di CoreDetector è stata pubblicata in Bioinformaticae il software è stato pubblicato anche su GitHub, rendendolo gratuito e accessibile a chiunque possa trarne vantaggio.
Ciò avrà un vantaggio immediato per la comunità di ricerca di pre-allevamento e selezione delle piante, in particolare per coloro che lavorano con genomi vegetali più complessi.
Il software è basato su Java e facilmente trasportabile tra i sistemi operativi.
“Mentre le tecnologie di sequenziamento ad alto rendimento diventano più avanzate e sempre più specie possono essere sequenziate, riteniamo che il libero accesso a CoreDetector continuerà a consentire rapidi progressi nella ricerca genetica su diverse popolazioni”, ha affermato il dottor Fruzangohar dell’Università, che ha anche co-guidato il progetto .
“Ciò fornirà ai coltivatori e ai ricercatori un efficiente strumento di analisi della sequenza del genoma, che potrà costituire un componente di un percorso analitico per migliorare la nostra comprensione genetica degli organismi biologici.”
Il dottor Taylor e il dottor Fruzangohar sono membri del Biometry Hub, all’interno della Scuola di Agricoltura, Alimentazione e Vino dell’Università.
L’Hub è stato istituito per fornire uno spazio ai ricercatori per sviluppare in modo collaborativo modelli statistici e strumenti computazionali, come CoreDetector, per rispondere a domande biologiche rilevanti per il settore.
Sebbene CoreDetector sia stato reso pubblico solo di recente, il dottor Taylor e il dottor Fruzangohar stanno già lavorando alla prossima iterazione della tecnologia.
“Il nostro obiettivo è estendere il quadro teorico e computazionale di CoreDetector per ottenere il genoma centrale e le sequenze accessorie di una popolazione. Questo insieme completo di sequenze è noto come pan-genoma”, ha affermato il dott. Taylor.
“Abbiamo in programma di collaborare con altri bioinformatici di organizzazioni esterne legate alla ricerca pan-genomica e di sviluppare un algoritmo euristico all’avanguardia per costruire in modo efficiente pan-genomi delle popolazioni.”
Da un’altra testata giornalistica. news de www.sciencedaily.com
