I ricercatori hanno sviluppato nanoparticelle in grado di penetrare nella retina neurale e fornire mRNA alle cellule dei fotorecettori il cui corretto funzionamento rende possibile la visione.

Gli scienziati dell’Oregon State University College of Pharmacy hanno dimostrato in modelli animali la possibilità di utilizzare nanoparticelle lipidiche e RNA messaggero, la tecnologia alla base dei vaccini COVID-19, per trattare la cecità associata a una rara condizione genetica.

Lo studio è stato pubblicato oggi (11 gennaio 2023) sulla rivista I progressi della scienza. È stato guidato dal professore associato di scienze farmaceutiche dell’OSU Gaurav Sahay, dallo studente di dottorato dell’Oregon State Marco Herrera-Barrera e dall’assistente professore di oftalmologia dell’Oregon Health & Science University Renee Ryals.

Gli scienziati hanno superato quella che era stata la principale limitazione dell’utilizzo di nanoparticelle lipidiche, o LNP, per trasportare materiale genetico ai fini della terapia della vista, facendole raggiungere la parte posteriore dell’occhio, dove si trova la retina.

I lipidi sono acidi grassi e composti organici simili tra cui molti oli e cere naturali. Le nanoparticelle sono minuscoli pezzi di materiale di dimensioni variabili da uno a 100 miliardesimi di metro. L’RNA messaggero fornisce istruzioni alle cellule per produrre una particolare proteina.

Con i vaccini contro il coronavirus, l’mRNA trasportato dagli LNP istruisce le cellule a creare un pezzo innocuo della proteina spike del virus, che innesca una risposta immunitaria dal corpo. Come terapia per la compromissione della vista derivante dalla degenerazione retinica ereditaria, o IRD, l’mRNA istruirebbe le cellule dei fotorecettori – difettose a causa di una mutazione genetica – a produrre le proteine ​​necessarie per la vista.

L’IRD comprende un gruppo di disturbi di varia gravità e prevalenza che colpiscono una persona su poche migliaia in tutto il mondo.

Gli scienziati hanno dimostrato, in una ricerca che ha coinvolto topi e primati non umani, che gli LNP dotati di peptidi erano in grado di passare attraverso le barriere negli occhi e raggiungere la retina neurale, dove la luce viene trasformata in segnali elettrici che il cervello converte in immagini.

“Abbiamo identificato un nuovo set di peptidi che possono raggiungere la parte posteriore dell’occhio”, ha detto Sahay. “Abbiamo usato questi peptidi per agire come codici postali per consegnare nanoparticelle che trasportano materiali genetici all’indirizzo previsto all’interno dell’occhio”.

“I peptidi che abbiamo scoperto possono essere usati come ligandi mirati direttamente coniugati a RNA silenzianti, piccole molecole per terapie o come sonde di imaging”, ha aggiunto Herrera-Barrera.

Sahay e Ryals hanno ricevuto una sovvenzione di 3,2 milioni di dollari dal National Eye Institute per continuare a studiare la promessa delle nanoparticelle lipidiche nel trattamento della cecità ereditaria. Condurranno la ricerca sull’uso degli LNP per fornire uno strumento di editing genetico che potrebbe eliminare i geni cattivi nelle cellule dei fotorecettori e sostituirli con geni correttamente funzionanti.

La ricerca mira a sviluppare soluzioni per le limitazioni associate all’attuale principale mezzo di consegna per l’editing genetico: un tipo di virus noto come virus adeno-associato o AAV.

“L’AAV ha una capacità di confezionamento limitata rispetto agli LNP e può provocare una risposta del sistema immunitario”, ha affermato Sahay. “Inoltre, non funziona in modo fantastico nel continuare a esprimere gli enzimi che lo strumento di modifica utilizza come forbici molecolari per eseguire tagli nel DNA da modificare. Speriamo di utilizzare ciò che abbiamo appreso finora sugli LNP per sviluppare un sistema di consegna dell’editor di geni migliorato”.

Riferimento: “Le nanoparticelle lipidiche guidate da peptidi forniscono mRNA alla retina neurale di roditori e primati non umani” 11 gennaio 2023, I progressi della scienza.
DOI: 10.1126/sciadv.add4623

Lo studio LNP guidato dai peptidi è stato finanziato dal National Institutes of Health. Hanno partecipato alla ricerca per l’Oregon State anche i docenti del College of Pharmacy Oleh Taratula e Conroy Sun, i ricercatori post-dottorato Milan Gautam e Mohit Gupta, gli studenti di dottorato Antony Jozic e Madeleine Landry, l’assistente di ricerca Chris Acosta e lo studente universitario Nick Jacomino, uno studente di bioingegneria al College di Ingegneria che si è laureata nel 2020.

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Pro e contro del plugin ChatGPT, interprete di codice, nell’istruzione, nella biologia, nella salute

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Mentre i ricercatori della West Virginia University vedono il potenziale in contesti educativi per il nuovo plugin ufficiale ChatGPT, chiamato Code Interpreter, hanno trovato limitazioni al suo utilizzo da parte di scienziati che lavorano con dati biologici utilizzando metodi computazionali per dare priorità al trattamento mirato per il cancro e le malattie genetiche.

“L’interprete di codice è una buona cosa ed è utile in un contesto educativo poiché rende la codifica nei campi STEM più accessibile agli studenti”, ha affermato Gangqing “Michael” Hu, assistente professore presso il Dipartimento di microbiologia, immunologia e biologia cellulare presso la WVU. Facoltà di Medicina e direttore del Nucleo di Bioinformatica. “Tuttavia, non ha le funzionalità necessarie per la bioinformatica. Questi sono problemi tecnici che possono essere superati. I futuri sviluppi di Code Interpreter probabilmente ne estenderanno l’uso a molti campi come la bioinformatica, la finanza e l’economia.”

Dalla sua uscita nel dicembre 2022, il popolare chatbot di intelligenza artificiale ChatGPT ha attirato l’attenzione di aziende, educatori e pubblico in generale. Tuttavia, non è stato del tutto all’altezza delle esigenze delle persone che lavorano nella ricerca biomedica, inclusa la bioinformatica – il campo in cui l’informatica incontra la biologia – che aspettavano con impazienza il plug-in Code Interpreter di OpenAI sperando che colmasse le lacune.

Hu e il suo team hanno messo alla prova Code Interpreter in una serie di compiti per valutarne le funzionalità. I loro risultati, pubblicati in Annali di ingegneria biomedicamostra che il plugin abbatte alcune barriere, ma non tutte.

Ad esempio, le persone senza una formazione scientifica avranno un facile accesso alla codifica, o alla programmazione del computer, con Code Interpreter. Hu ha affermato che è anche conveniente e suscita negli studenti la curiosità di esplorare l’analisi dei dati e aumenta il loro interesse per l’apprendimento. Sottolinea, tuttavia, che gli utenti dovranno capire come interpretare i dati e riconoscere se i risultati sono accurati e sapere come interagire con il chatbot.

I bioinformatici si affidano a codifiche precise, programmi software e accesso a Internet per archiviare, analizzare e interpretare dati biologici come il DNA e il genoma umano utilizzati per i progressi della medicina moderna.

Nonostante la necessità di miglioramenti specifici della bioinformatica, ha affermato Hu, Code Interpreter aiuta gli utenti a determinare se una risposta è accurata o se si tratta di una risposta fittizia presentata con sicurezza, nota come allucinazione.

“Le persone sanno che ChatGPT può fare molte cose impressionanti, ma non è efficace nel fornire una citazione o un riferimento per supportare la sua risposta. Se gli viene chiesto quale sia la fonte per supportare l’affermazione di una risposta, potrebbe iniziare a creare riferimenti, “Ha spiegato Hu. “Code Interpreter fornisce una soluzione per ridurre al minimo le allucinazioni. Per le domande che possono essere affrontate tramite la codifica, il codice stesso funge da fonte o citazione. Questo è un significativo passo avanti.”

A lavorare con Hu sono stati Lei Wang, un ricercatore post-dottorato presso il Dipartimento di Microbiologia, Immunologia e Biologia Cellulare della WVU; Xijin Ge, della South Dakota State University; e Li Liu, dell’Arizona State University.

Il team ha riscontrato risultati positivi nella capacità di Code Interpreter di convertire i dati in diagrammi e grafici.

I suggerimenti per gli aggiornamenti a Code Interpreter includono l’accesso a Internet per il download dei dati sul genoma, l’installazione di software specifico per la bioinformatica, l’espansione della capacità di archiviazione e il supporto per linguaggi di programmazione aggiuntivi. Inoltre, i ricercatori hanno riscontrato la necessità che le applicazioni relative alla privacy e alla sicurezza siano conformi a normative come HIPAA.

Nel testare l’analisi dei dati, hanno scoperto diverse limitazioni. Il plugin supporta solo un programma per computer, Python, e pochi dei suoi pacchetti software sono dedicati alla bioinformatica. Inoltre, non consente l’accesso ai dati Internet e non ha la capacità di lavorare con file di grandi dimensioni.

“Consente circa 100 megabyte, ma i file che gestiamo sono a livello di gigabyte”, ha detto Hu. “Inoltre, non supporta l’elaborazione parallela necessaria per set di dati di grandi dimensioni, il che si traduce in prestazioni lente.”

Hu ha affermato che, pur prevedendo ulteriori aggiornamenti per Code Interpreter, intende aiutare gli studenti a conoscere meglio i vantaggi dell’attuale plugin.

“Nella mia classe la prossima primavera, ho intenzione di introdurre questo plugin per aiutare gli studenti a conoscere la visualizzazione dei dati”, ha detto Hu. “L’intelligenza artificiale è un campo in rapida evoluzione. Spero che per allora OpenAI possa superare alcune limitazioni in modo da poter essere utilizzato per un’ampia gamma di codifica bioinformatica.”

All’inizio di quest’anno, Hu ha condotto un altro studio per preparare gli studenti delle scuole superiori e universitari a sfruttare la potenza di ChatGPT imparando di più sulla programmazione. Il processo ha utilizzato OPTIMAL – Optimization of Prompts Through Iterative Mentoring and Assessment – ​​per migliorare la comunicazione con un chatbot.

Nel lungo termine, Hu ha affermato che continuerà a monitorare e testare la nuova programmazione e funzionalità dell’IA.

“Man mano che si sviluppano nuovi prodotti, andrò avanti”, ha detto Hu. “Ci sono sicuramente molti altri usi innovativi che attendono di essere scoperti.”



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